Suatu hari saat ia dikejar-kejar oleh yokai yang meminta namanya kembali. Yuujinchou atau “Buku Persahabatan” adalah buku yang berisi nama-nama dari Yokai yang berhasil di kalahkan oleh neneknya di masa muda, siapa pun yang memiliki buku itu artinya bisa memanggil semua nama Yokai yang ada di dalam nya dan Yokai itu bisa di suruh apa pun. Ia juga mendapatkan Yuujinchou dari neneknya.
Bakatnya itu ia dapatkan dari neneknya, Natsume Reiko. Makanya, ia menyembunyikan kemampuannya itu dari keluarga ini. Untungnya, keluarga yang saat ini tinggal bersamanya sangat baik kepadanya. Da juga sering berganti-ganti keluarga (yang mengadopsinya) karena keluarga yang pernah mengadopsi merasa takut dengan kelebihan Natsume itu. Oleh karena itu, dia mempunyai masa kecil yang suram. Orang yang berada di sekitarnya, menganggapnya aneh. Sejak kecil ia sudah bisa melihat ayakashi dan yokai atau sejenis siluman atau mahkluk halus. Natsume Yuujinchou Anime ini bermula dari Natsume Takeshi yang telah yatim piatu.
